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裝設備腐蝕性大，需采用防腐蝕襯里或不銹鋼材料，設備造價高。水性涂料對輸送管道的腐蝕，金屬溶解，使分散微粒析出，涂膜產(chǎn)生麻點，也需采用不銹鋼管。
4.烘烤型水性涂料對施工環(huán)境條件(溫度、濕度)要求較嚴格，增加了調(diào)溫調(diào)濕設備的投入，同時也增大了能耗。
5.水性涂料水的蒸發(fā)潛熱大，烘烤能量消耗大。陰極電泳涂料需在180℃烘烤；而乳膠漆完全干透的時間則很長。
6.水性涂料沸點高的有機助溶劑等在烘烤時產(chǎn)生很多油煙，凝結后滴于涂膜表面影響外觀。
7.水性涂料存在耐水性差的問題，使涂料和槽液的穩(wěn)定性差，涂膜的耐水性差。水性涂料的介質(zhì)一般都在微堿性(ph7.5～ph8.5)，樹脂中的酯鍵易水解而使分子鏈降解，影響涂料和槽液穩(wěn)定性，及涂膜的性能。
水性涂料雖然存在諸多問題，但通過配方及涂裝工藝和設備等幾方面技術的不斷提高，有些問題在工藝上得到防止，有些通過配方本身得到改善和提高。